จุลินทรีย์ในลำไส้ทำให้เกิดการอักเสบของลำไส้

โรคลำไส้อักเสบจะมาพร้อมกับการเปลี่ยนแปลงหลายอย่างในลำไส้ การเปลี่ยนแปลงในการซึมผ่านของเยื่อบุผิว การเปลี่ยนแปลงในองค์ประกอบของจุลินทรีย์ และการเปลี่ยนแปลงระดับของสารต้านจุลชีพที่หลั่งจากเซลล์ในลำไส้ การค้นหาว่าการเปลี่ยนแปลงเป็นสาเหตุหรือผลของการอักเสบนั้นเป็นเรื่องยากโดยที่ยีนที่มีหน้าที่ในการผลิตสารคาสเตติน

ที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพถูกกำจัดโดยใช้เทคนิคทางพันธุกรรม ในหนูปกติ คาสเตตินจะถูกหลั่งโดยเซลล์ที่อยู่ภายในลำไส้และฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่อ่อนแอได้ องค์ประกอบของจุลินทรีย์ในลำไส้มีการเปลี่ยนแปลงอย่างไรในหนูที่เคาะออกเหล่านี้และสัญญาณของการอักเสบของลำไส้ก็มองเห็นได้เมตาบอลิซึม นักวิทยาศาสตร์ใช้การปลูกถ่ายอุจจาระเพื่อค้นหาว่าการเปลี่ยนแปลงองค์ประกอบของจุลินทรีย์เป็นสาเหตุของการอักเสบจริงหรือเป็นผลมาจากการอักเสบที่สังเกตพบ ทั้งหนูที่น็อคเอาท์และหนูปกติ (ชนิดป่า) ได้รับยาระบายที่กำจัดแบคทีเรียส่วนใหญ่ออกจากลำไส้ของพวกมัน เราใช้ยาระบายมากกว่ายาปฏิชีวนะ เพราะยาเหล่านี้สามารถขัดขวางการสร้างอาณานิคมใหม่หลังการปลูกถ่ายอุจจาระ